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Bionumérique : pour mieux modéliser, simuler et analyser la biologie
Date : Mardi 9 novembre 2010
Grâce aux progrès réalisés dans les méthodes d’exploration du vivant, des données à l’échelon moléculaire sont produites à très grande échelle, ce qui augmente le volume, l’hétérogénéité et la complexité des données biologiques et cliniques à analyser.
Concevoir de nouvelles stratégies thérapeutiques à partir de l’exploitation efficace de cette somme d’informations et de la modélisation des systèmes intégrés constitue l’un des défis majeurs des années à venir.
Nos intervenants présenteront leurs travaux de Recherche & Développement dans ce vaste domaine.
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| Partie 1 : |
Calcul haute performance pour la modélisation de séquences protéiques |
| Intervenant |
François Artiguenave, Chef de laboratoire Bioinformatique, Analyse de séquence, CEA, Institut de Génomique, Génoscope, Ivry |
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La recherche dans les sciences de la vie s'appuie de plus en plus sur l'analyse de grands jeux de données complexes impliquant des disciplines différentes. Pour illustrer cette tendance, sera présenté un travail réalisé par le laboratoire d'Analyses Bioinformatiques des Séquences du Genoscope (Institut de Génomique, CEA) basé sur la mise en œuvre d'un calcul haute performance (modélisation) pour rechercher et caractériser de nouvelles activités enzymatiques.
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| Partie 2 : |
Médecine personnalisée: une nouvelle opportunité pour l'industrie pharmaceutique et les technologies informatiques d'aide à la décision |
| Intervenant |
Mohammad Afshar, CEO, Ariana Pharma, Paris |
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La mise sur le marché de nouveaux produits pharmaceutiques est un processus de plus en plus long, couteux et risqué; l'industrie se cherche activement un nouveau modèle économique!
L'avancement de la médecine personnalisée, qui tente de prendre en compte les différences inter-individuelles dans le choix et le suivi des traitements, pourrait être une voie de salut, augmentant le bénéfice des "clients" malades et diminuant les risques associés aux effets secondaires.
C'est dans ce contexte que les technologies d'analyses de données et d'aide au raisonnement et à la décision sont vouées à un grand essor afin de faciliter les meilleurs choix parmi des données de plus en plus nombreuses et complexes (cliniques, génomiques, protéomiques etc). |
| Partie 3 : |
Projet BioIntelligence : vers la modélisation numérique du vivant
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| Intervenant |
William Saurin, Directeur général en charge de la R&D, Sobios |
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Directeur général en charge de la R&D, Sobios |
| Partie 4 : |
Hiérarchies de formalismes et de modèles en biologie systémique |
| Intervenant |
François Fages, Directeur de recherche, INRIA, Paris-Rocquencourt, Responsable du projet Contraintes |
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Les modèles de processus cellulaires sont construits en biologie systémique suivant deux perspectives quelque peu contradictoires: d'une part dans le but d'agréger les connaissances sur un processus, en développant dans ce cas des modèles les plus détaillés possibles, et d'autre part dans le but de faire des prédictions, en développant cette fois des modèles les plus simples possibles suffisant à répondre aux questions posées.
Ces deux perspectives peuvent être réconciliées en reliant les formalismes entre eux par des relations d'abstraction et en organisant les modèles en des hiérarchies de modèles reliés par des relations de réduction/raffinement. Nous évoquerons notre expérience dans ce domaine avec le développement de la machine abstraite biochimique
(http://contraintes.inria.fr/biocham) et l'utilisation de cet environnement de modélisation en signalisation, cycle cellulaire et optimisation thérapeutique.
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| Grand témoin |
Pr. Jean-Yves Boire |
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Responsable de Programmes Département Biologie Santé ANR
Directeur de l'Unité ISIT (Image Sciences for Interventional Techniques) : http://isit.u-clermont1.fr/
UDA Faculté de Médecine de Clermont-Ferrand. |
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